Produits de biocontrôle : de nouveaux outils de suivi pour une meilleure efficacité ?

Les agents de biocontrôle offrent de nouvelles possibilités dans la protection des cultures et peuvent être utilisés pour réduire l’utilisation des produits phytosanitaires chimiques. Néanmoins, leurs efficacités dépendent de nombreux paramètres environnementaux. Il est donc nécessaire de quantifier la dynamique de ces micro-organismes dans l’environnement. Aujourd’hui, il est difficile de déterminer si les différences d’efficacité de ces produits sont liées à leurs caractéristiques intrinsèques ou à la non-installation du micro-organisme, empêchant ainsi son action.

Des outils pour tracer la présence d’une bactérie et d’un champignon

Dans le cadre du projet ABA-PIC, financé par France Relance, ARVALIS a développé des méthodes moléculaires par PCR afin de quantifier deux espèces fréquemment utilisées dans les produits de biocontrôle : Trichoderma atroviride et Bacillus velezensis.

Validés pour chaque micro-organisme dans des conditions de laboratoire, ces outils ont ensuite été testés sur des échantillons issus des essais au champ. La dynamique d’installation, de développement et de colonisation des populations dans les plantes et les sols a pu être suivie dans les racines, la rhizosphère (la partie du sol proche des racines), les feuilles et les épis de blé à différents moments après application. Dans nos conditions de terrain, l’implantation des micro-organismes a été variable en fonction des produits testés et leur concentration d’application.

Ainsi, les outils génériques développés sont utiles pour suivre les différents produits de biocontrôle utilisant ces micro-organismes, quelques soient les cultures et les souches. Ils vont permettre de mieux évaluer et positionner ces produits selon les environnements pour maximiser leur efficacité.

Figure 1 : Les différentes étapes d’une PCR digitale, ou dPCR

La PCR digitale, ou dPCR, permet de quantifier la présence d’ADN d’un micro-organisme dans un échantillon en trois étapes : répartition des ADN dans des micro-puits (une seule molécule d’ADN par micro-puits), révélation des ADN amplifiés par fluorescence puis comptages.