SEPTOMINION
Gérer durablement la lutte contre la septoriose avec une méthode rapide et innovante d’épidémiosurveillance basée sur le MinION (Oxford Nanopore Technology)
Enjeux
Pour répondre aux objectifs fixés par la stratégie Ecophyto 2030 et du pacte vert pour l’Europe, il devient plus qu’urgent d’accélérer la protection agroécologique des cultures et de diminuer le recours aux produits phytosanitaires. Parmi les nombreux leviers mobilisables pour atteindre cet objectif, la lutte génétique et l’adaptation de stratégies anti-résistance vis-à-vis des fongicides sont des moyens déjà en partie accessibles et efficaces pour y parvenir. Or, les agents pathogènes sont capables de s’adapter à ces méthodes de lutte notamment par l’apparition de mutations dans leurs génomes (gènes d’avirulence et gènes cibles des fongicides) pouvant remettre en cause ces stratégies de lutte. L’épidémiosurveillance, par un suivi précis et rapide de ces mutations dans les populations, est primordiale pour adapter les méthodes de lutte selon le contexte épidémiologique au cours de la saison, entre saisons et in fine, mieux comprendre les trajectoires.
Objectifs
Ce projet propose de développer une méthode rapide, basée sur la technologie d’Oxford Nanopore Technology (ONT) avec l’outil MinION, pour caractériser les populations pathogènes de septoriose du blé vis-à-vis de plusieurs gènes d’avirulence (gènes AvrStb) et de résistance aux fongicides (CYP51, SDHI, Cytb).
Résultats attendus
La mise au point de cette méthode permettra d’accélérer le monitoring des populations, anticiper l’apparition et l’installation de nouvelles mutations et pouvoir adapter les méthodes de lutte.
