RESPIR
Le projet Respir étudie la résistance à la jaunisse nanisante de l'orge (JNO) chez l'orge et le blé tendre par phénotypage et identification de facteurs de résistance quantitative
Enjeux
La jaunisse nanisante de l’orge (JNO) est causée par un virus transmis à l’automne par des pucerons à différentes céréales, blé et orge notamment. Les symptômes se caractérisent, entre autres, par un jaunissement des feuilles, une réduction de la hauteur des plantes, et conduisent à une diminution significative du rendement en grains. L’interdiction récente des traitements de semences à base de néonicotinoïdes a réduit les possibilités de contrôle des populations de pucerons vecteurs de la JNO. Dans ce contexte, le développement de variétés résistantes à la JNO a bénéficié d’un regain d’intérêt chez les sélectionneurs. Chez l’orge, la résistance variétale provient de différentes sources, en particulier les gènes Ryd2, Ryd3 et plus récemment Ryd4. L’impact de Ryd2 et Ryd3 a déjà fait l’objet de travaux antérieurs notamment du point de vue de la dynamique de l’infection et de la multiplication virale. En revanche, l’impact du gène Ryd4 et les mécanismes de résistance qu’il apporte sont encore mal connus.
Ces gènes majeurs de résistance constituent une ressource particulièrement précieuse pour le développement de nouvelles stratégies de lutte contre la JNO. En effet, ils sont peu présents dans le pool génétique primaire de ces espèces et peuvent faire l’objet de contournements rapides par les populations virales. Des études antérieures ont permis de montrer qu’il existe de la variabilité génétique pour la résistance à la JNO parmi les variétés non porteuses de gènes de résistance que ce soit chez le blé ou chez l’orge. Ceci indique la présence de facteurs génétiques de résistance quantitative qui pourraient contribuer à la résistance en tant que telle mais aussi à la durabilité des gènes majeurs. Néanmoins, ces facteurs de résistance quantitative n’ont pas encore été identifiés. Enfin, l’évaluation du matériel génétique est actuellement assurée à l’aide de notations visuelles. Cette notation reste subjective, requiert de la main d’œuvre, et est parfois rendue difficile notamment chez le blé du fait de symptômes moins marqués que chez l’orge.
Objectifs
Ce projet vise à fournir un ensemble de connaissances et d’outils pour faciliter la création de variétés d’orge et de blé résistantes à la JNO.
Résultats attendus
- Etude de l'effet du gène Ryd4 sur les mécanismes d'infection et de multiplication virale
- Identification des facteurs de résistance quantitative chez l'orge et le blé
- Mise au point d'un protocole de phénotypage par capteurs numériques de la sensibilité à la JNO
Rôle d'ARVALIS dans le projet
Administration et animation du projet- Réalisation d’un essai orge et d’un essai blé sur la durée totale du projet augmentant ainsi à sept le nombre total d’essais pour chaque espèce.
- Analyse de l’impact de l’infection sur le transcriptome par RNASeq
- Analyse des données de génotypage et phénotypage afin d’identifier des facteurs de résistance quantitative par génétique d’association et calibration d’un modèle de prédiction génomique de la sensibilité à la JNO.
- Acquisition d’images par Litéral sur les essais champ et établissement d’une chaine de traitement pour prédire la sensibilité à la JNO
- Analyse des données capteurs afin de produire les données de phénotypage de la JNO utilisables en GWA