HELMO

Enjeux

L’orge est la seconde céréale à paille cultivée en France avec une surface d’environ 1.9 millions d’hectares et une production moyenne de 12 millions de tonnes. Cette céréale, aux nombreux débouchés et économiquement importante pour l’agriculture française, est soumise à différents stress abiotiques et biotiques qui limitent la production. Les maladies cryptogamiques sont nombreuses, souvent spécifiques à l’orge et difficiles à phénotyper du fait de nombreux symptômes confondants. En France, la maladie fongique la plus fréquente et nuisible est l’helminthosporiose, notamment sur orge d’hiver. Les principaux moyens de lutte contre cette maladie sont la lutte chimique et la lutte génétique malgré l’observation d’une érosion de la résistance de certaines variétés très cultivées.
Cette maladie est causée par un complexe d’espèces du genre Pyrenophora et Cochliobolus. Au sein du genre Pyrenophora, trois taxa sont responsables de l’helminthosporiose (au sens large du terme) : P. teres f. teres responsable de la forme « réseaux » (Net form of Net Blotch : NFNB), P. teres f. maculata responsable de la forme « taches » (Spot form of Net Blotch : SFNB), P. graminea responsable des « stries de l’orge ». Une quatrième espèce, Cochliobolus sativus, est également décrite comme agent causal de l’helminthosporiose (« spot blotch »). Hormis P. graminea qui est un agent pathogène transmis par la semence et causant des symptômes typiques, les trois autres taxa causent des symptômes assez proches et facilement confondus au champ. Même si P. teres f. teres est supposée être la forme prédominante en France, aucune étude n’a été conduite ni pour caractériser précisément le complexe d’espèces ni les ressources génétiques disponibles vis-à-vis de ces différentes espèces. Ces connaissances sont pourtant fondamentales pour identifier et développer des résistances durables contre l’helminthosporiose de l’orge afin de disposer d’un levier génétique efficace pour sa gestion intégrée.

Objectifs

Fournir un ensemble de connaissances permettant de combiner des moyens de lutte pour une gestion intégrée de l’helminthosporiose.

Résultats attendus

• Génomes de référence et données de polymorphisme dans des bases de données publiques. Nouvelles connaissances taxonomiques sur les mycètes causant l’helminthosporiose ;
• Outils moléculaires (qPCR) d’identification des quatre taxons causant l’helminthosporiose. Cartographie des taxons présents en France, de leur structure génétique et typologie des symptômes ;
• Méthode de phénotypage en conditions contrôlées et inventaire de la diversité pathotypique des différentes espèces ;
• Caractérisation de la résistance à l’helminthosporiose lato sensu d’un large panel d’accessions d’orge d’hiver ;
• Article scientifique de méta-analyse de QTL, de génétique d’association et de modélisation basée sur des marqueurs génétiques de la résistance à Pyrenophora sp. ;
• Marqueurs KASPAR à disposition de l’ensemble des partenaires pour cribler le matériel de sélection ;
• Intégration des meilleurs modèles de prévision de risque helminthosporiose à DFE dans la plateforme d’intégration des modèles Arvalis en vue d’une valorisation ultérieure dans des outils d’aide à la décision ;
• Prototype d’outil d’aide à l’intervention sur helminthosporiose.